1. Melaksanakan kebijakan yang telah ditetapkan Tim Pengelola Jamkesmas dan BOK Pusat.
2. Bertanggung jawab dalam pengelolaan manajemen penyelenggaraan Jamkesmas dan BOK secara keseluruhan di wilayah kerjanya.
3. Mengoordinasikan manajemen kepesertaan, pelayanaan dan administrasi keuangan dalam penyelenggaraan Jamkesmas.
4. Melakukan pembinaan (koordinasi dan evaluasi) terhadap pelaksanaan kegiatan Jamkesmas dan BOK di kabupaten/kota.
5. Melatih tim pengelola Jamkesmas dan BOK tingkat kabupaten/kota.
6. Menyampaikan laporan dari hasil penyelenggaraan kegiatan Jamkesmas dan BOK Kabupaten/Kota ke Tim Pengelola Jamkesmas dan BOK Tingkat Pusat.
7. Mengupayakan peningkatan dana untuk operasional Puskesmas dan manajemen Jamkesmas dan BOK dari sumber APBD.
8. Mengoordinasikan manajemen administrasi keuangan Jamkesmas dan BOK.
9. Melakukan pembinaan, pengawasan dan pengendalian terhadap unit-unit kerja yang terkait dalam penyelenggaraan Jamkesmas dan BOK di wilayah kerjanya.
10. Menfasilitasi pertemuan secara berkala dengan Tim Koordinasi sesuai kebutuhan dalam rangka sinkronisasi, harmonisasi, evaluasi, dan penyelesaian masalah lintas sektor yang terkait dengan penyelenggaraan Jamkesmas dan BOK di provinsi.
11. Membuat laporan secara berkala atas pelaksanaan Jamkesmas dan BOK di wilayah kerjanya kepada Tim Pengelola Jamkesmas dan BOK Pusat.
12. Menangani penyelesaian keluhan dari para pihak.
13. Meneruskan hasil rekuitmen PPK dari Dinkes Kabupaten/Kota ke pusat.
14. Memonitor pelaksanaan Perjanjian Kerja Sama (PKS) antara Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota dengan Pemberi Pelayanan Kesehatan (PPK) yang menyelenggarakan Jamkesmas di wilayah kerjanya.
15. Melakukan pengawasan dan pemeliharaan terhadapK  inventaris barang yang telah diserahkan Kementerian Kesehatan untuk menunjang pelaksanaan Jamkesmas dan BOK di daerahnya.
16. Menyusun dan menyampaikan laporan atas semua hasil pelaksanaan tugas penyelenggaraan Jamkesmas dan BOK kepada Tim Pengelola Jamkesmas dan BOK Pusat.

Sumber: Depkes, 2011